肛门后面有个窝可能是生理因素或者病理因素导致的，病理因素一般包括骶尾骨畸形、藏毛窦、肛瘘等。治疗方式要根据病理类型来选择。
一、生理因素肛门后有个窝是属于人的正常生理结构，医学上称之为肛隐窝，在不影响正常的生理功能的情况下，一般不需要特殊治疗。
二、病理因素1、骶尾骨畸形：可能是受遗传因素的影响，引起骶尾骨畸形，造成肛门后面有个窝且深度较深；
2、藏毛窦：藏毛窦是指骶尾部臀裂处软组织内的一种慢性脓肿，一般开口于肛门后正中，脓肿破溃后形成慢性窦道，表现出肛门后面有个窝的现象；
3、肛瘘：肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，由内口、管、外口三部分组成，可表现出瘘外口流出少量脓性、血性、黏液性分泌物的症状，因此肛门后面有个窝，且存在有分泌物时，可考虑为肛瘘。